Крепость с голландским именем Sankt Piter Bourkh была заложена российским царем (1682 – 1725, единовластно с 1696, с 1721 император) Петром I Алексеевичем (1672 – 1725) на Заячьем острове 16 (27) мая 1703 г., в начале Северной войны (1700 – 1721), и была так названа им в честь своего небесного покровителя, святого апостола Петра.
1 мая 1703 г. русские войска взяли шведскую крепость Ниеншанц (служившую цитаделью для города Ниен в провинции Ингерманландия Королевства Швеция) на правом берегу Невы в устье реки Охты. Первая мысль о размещении в ее стенах воинского гарнизона была отвергнута царем, так как при ближайшем рассмотрении Ниеншанц оказался «мал, далек от моря и не гораздо крепок от натуры» (характеристика, данная самим Петром). Однако уже тогда неуемным монархом овладевает идея закрепиться в завоеванном крае – построить на берегах Невы или Финского залива мощную военную крепость.
Через несколько дней Петр в сопровождении нескольких ближайших сподвижников на шлюпке отправился вниз по Неве в поисках более удобного места для возведения фортеции. Выбор пал на расположенный почти у самого взморья, в самом широком месте Невы, Заячий остров (финское название Енисаари). Его очертания поразительно напоминали контур боевого судна, рассекающего водную гладь.
Вопреки некоторым существующим легендам об основании Санкт-Петербурга, самого Петра I в день основания города даже не было на Заячьем острове! Первыми работами на этом маленьком клочке земли (около 750 м в длину и 360 м в ширину), отделенном от соседнего крупного острова (современного Петроградского) Кронверкским проливом, руководил один из ближайших петровских сподвижников и будущий первый генерал-губернатор Петербурга (1703 – 1724 и 1725 – 1727) Александр Данилович Меншиков (1673 – 1729, граф с 1702, светлейший князь Ижорский с 1707, генералиссимус с 1727).
Местность, где возник Санкт-Петербург, тогда была не такой уж «пустынной», как об этом говорится в знаменитых пушкинских строках: «На берегу пустынных волн стоял он, дум великих полн, и вдаль глядел».
Недалеко – в устье Охты – был расположен шведский город Ниен, а на противоположном берегу – там, где Нева делает крутой поворот с юга на запад, – находилось рыбачье село Спасское. Вообще, к началу XVIII в. только на месте исторического центра современного Петербурга существовало около 40 поселений, причем многие из них еще задолго до появления здесь шведов принадлежали Новгороду. Однако сам Заячий остров был в то время действительно необитаемым заболоченным местом, на котором, вероятно, никто никогда и не заложил бы будущую имперскую столицу, если б не воля одного человека – царя Петра I.
29 июня 1703 г., в день святых Петра и Павла, в присутствии самого царя Петра, в крепости была заложена деревянная Петропавловская церковь, а в 1712 г. вместо нее было начато возведение каменного Петропавловского собора. После этого крепость неофициально стала именоваться Петропавловской, а на город, возникший под ее защитой на соседнем Березовом острове (ныне Петроградский), распространилось первоначальное название крепости – Санкт-Петербург. Первым административным, торговым и культурным центром города были нынешние Троицкая площадь (соединенная с Заячьим островом Иоанновским мостом) и Петровская набережная.